1.Наёмнику Шраму в конце даётся задание «остановить Стрелка», а фактически его убить. И вполне вероятно, что КПК Шрама попал Меченому, когда того отвозили на «грузовике смерти» (хотя в одной из концовок S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl такая запись объясняется тем, что система «зомбирования» агентов О-сознания дала сбой и «запрограммировала» Стрелка — найти и убить Стрелка). 2.В Shadow of Chernobyl Призрак говорит, что Клыка застрелил наёмник с «Винторезом» и шрамом на лице. Есть мнение, что это Шрам.
3.В конце показывается ролик с полуживым Меченым. У него уже есть аббревиатура S.T.A.L.K.E.R. События Shadow of Chernobyl разворачиваются спустя год, после событий «Чистого Неба». Возникает вопрос — это ж где он был аж целый год?
4.На Милитари в Деревне Кровососов, внутри водонапорной башни, в «Чистом Небе» лестница железная, как при спуске в люк, приставная, просто приварена к стене. А В «Shadow of Chernobyl» лестница цивилизованная, винтовая, с пролетами. Кто успел за год ее «проапгрейдить»? В деревне, давно заброшенной, полной кровососов и стай слепых псов… Очередной ляп.
5.В Лиманске, в одном из подвалов можно найти «Машину времени» из фильма «Гостья из будущего».
6.В оригинале, когда Меченый приходит к Сахарову, чтобы спросить о Стрелке, тот заявляет, что знать не знает, кто такой Стрелок. А в «Чистом Небе» в ответ на вопрос Шрама о Стрелке Сахаров рассказывает как Стрелок умыкнул у него прототип пси-шлема. Если учесть, что Меченый и Стрелок — это одно и то же лицо, то получается, что Сахаров страдает склерозом в жёсткой форме. 
:D
7.В районе НИИ «Агропром», где обосновалась группировка "Долг" играет музыка из другого проекта GSC — «Герои уничтоженных империй».
8.Псевдособаки научились воздействовать на психологию. Через год, в событиях "Теней" они благополучно это качество потеряли. С детекторами так же. Вот и думай, а нужен ли был приквел?
9.В книге "Сердце Зоны (операция "Чистое Небо)" говорится, что Чистое Небо было почти уничтоженно, Стрелка заказали наёмнику (Шраму)который пропал после 3 экспедиции Стрелка к ЧАЭС,и Стрелок (тогда уже Меченный)уничтожает "замаринованных" членов О-Сознания, но только "На верхних урохнях".
Вернемся к началу ... кое-как открыв глаза вижу мужика алконафто-видной внешности как позже станет известно местного торгоца Сидоровича (ушлый тип) и слышу от него что он спас мне жизнь все ето сопровождаеться головной болью и тут я осознаю что я ни х... не помню кто я такой откуда и тп. Также торговец говорит что нашли меня в грузовике смерти и назвали меченым из-за татуировки в виде абрривиатуры S.T.A.L.K.E.R. еще ето (единственное) задние в ПДА ''Убить стрелка'' (еще бы всспомнить че за черт) 